Второ-Афонский мужской монастырь основали в 1904 г. русские монахи с Афона. Обитель заложили на месте, где в древние времена Алании (9 век) существовал византийский храм. После освящения монастыря, состоявшегося 28 ноября 1904 г., сюда заехали более 50 монахов.
Из-за революции 1917 г. и вспыхнувшей в стране гражданской войны многие насельники стали жертвами репрессий, некоторые были просто изгнаны из обители. В 1927 г. Второ-Афонский монастырь окончательно закрыли. В последующие десятилетия он медленно, но разрушался: сначала не стало храма, затем исчезли и остальные постройки. Но несмотря на разорение, люди регулярно собирались на руинах для общей молитвы.